Bioinformatics Toolbox
Lire, analyser et visualiser des données génomiques et protéomiques
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Bioinformatics Toolbox propose des algorithmes et des applications pour la création de pipelines bio-informatiques, le séquençage de nouvelle génération (NGS), l'analyse des biopuces, la spectrométrie de masse et l'ontologie génétique. Vous pouvez lire des données génomiques et protéomiques, les explorer avec l'application Genomics Viewer et les visualiser avec des cartes thermiques spatiales et des clustergrams. La toolbox (avec Statistics and Machine Learning Toolbox) propose des techniques de statistique, de régression, de classification et (avec Deep Learning Toolbox) de Deep Learning pour construire des pipelines d'analyse complets.
L'application Biopipeline Designer vous permet de créer de manière interactive des pipelines bio-informatiques pour l'analyse de données génomiques, localement ou dans le cloud. Vous pouvez utiliser une combinaison de blocs de pipeline bio-informatique prédéfinis qui intègrent des bibliothèques NGS éprouvées et des blocs personnalisés pour étendre les analyses en utilisant des outils communautaires. Vous pouvez créer un pipeline pour le prétraitement des lectures, les mettre en correspondance avec un génome de référence et effectuer des analyses statistiques, comme l'analyse de l'expression différentielle RNA-Seq ou l'analyse ChIP-Seq.
Création de pipelines bio-informatiques
Avec l'application Biopipeline Designer, vous pouvez créer et exécuter de manière interactive des pipelines bio-informatiques de bout en bout, localement ou dans le cloud. Créez un pipeline avec des blocs prédéfinis qui intègrent des bibliothèques NGS éprouvées ou des blocs personnalisés pour étendre les analyses en utilisant des outils communautaires pour chaque étape du processus. Exécutez les pipelines en parallèle (avec Parallel Computing Toolbox) et en mode batch.
Séquençage de nouvelle génération (NGS)
La toolbox propose des algorithmes et des techniques de visualisation pour les NGS. Par exemple, vous pouvez prétraiter les lectures, les mapper à un génome de référence et effectuer des analyses statistiques, telles que l'analyse de l'expression différentielle à partir des données RNA-Seq ou l'analyse de données ChIP-Seq.
Analyse de séquences
Appliquez des méthodes d'analyse de séquences, notamment l’alignement de séquences par paire, de profils de séquence et de séquences multiples. Manipulez et évaluez les séquences pour mieux comprendre vos données. Effectuez des recherches BLAST par rapport à des séquences connues dans des bases de données en ligne ou locales.
Analyse de données de spectrométrie de masse
Bioinformatics Toolbox permet d'analyser des données SELDI, MALDI, LC/MS et GC/MS. Vous pouvez lisser, aligner et normaliser les spectres et utiliser des techniques de classification, de statistique et de Machine Learning pour créer des classificateurs et identifier des biomarqueurs potentiels.
Analyse d'arbres phylogénétiques
Construisez des arbres phylogénétiques en utilisant une liaison hiérarchique avec une variété de techniques, comprenant les méthodes du neighbor joining, de liaison simple et de liaison complète, et UPGMA (Unweighted Pair Group Method Average).
Lecture de données génomiques et protéomiques
Vous pouvez lire des données à partir de formats de fichiers courants tels que SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF et GFF et de bases de données en ligne telles que NCBI Gene Expression Omnibus, GenBank® et Sequence Read Archive. Vous pouvez utiliser des conteneurs de données spécialisés pour les données trop volumineuses pour être stockées en mémoire.
Des algorithmes statistiques et de Machine Learning
Bioinformatics Toolbox propose des fonctions s'appuyant sur Statistics and Machine Learning Toolbox, qui offre des outils interactifs pour la sélection des caractéristiques, la classification, la régression, la cartographie et l'affichage de diagrammes hiérarchiques et de voies.
Analyse de données de biopuces
Normalisez les données de biopuces avec diverses méthodes. Identifiez les gènes exprimés de manière différentielle et effectuer une analyse d'enrichissement des résultats d'expression grâce à l'ontologie génétique. Visualisez les réseaux de gènes et d'interactions protéine-protéine en utilisant des algorithmes issus de la théorie des graphes.
Déploiement et applications de partage
Transformez votre programme d'analyse de données en une application logicielle personnalisée. Créez des interfaces utilisateur personnalisées, intégrez avec des applications C, C++ et Java™ existantes et déployez des applications autonomes.
Ressources produits :
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