画像の位置合わせについて

2つの画像（DICOM形式）の位置合わせを行い、出力（DICOM形式）したいと考えております。

Pro_A90.dcm：装置Aで作成した90スライスの投影データ（DICOMファイル）

Pro_B90.dcm：装置Bで作成した90スライスの投影データ（DICOMファイル）

Pro_A90.dcmとPro_B90.dcmは同じ形の物のデータであります。

これらの位置合わせて、それぞれのファイルをDICOM形式で出力したいと考えております。

この処理は可能でしょうか。

ご教授頂ければと思います。

何卒宜しくお願い致します。

Answer 1

[Megumi Fukuda]

お話伺った感じですと、マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーションとdicomwriteを使ってできるのではないか？と思います。「マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーション」のページの例に沿って処理をしていただき、最後に出てきたものをdicomwriteで書き出すというワークフローになると思います。

もし良ければ、お手持ちのデータで上記の処理がうまくいったか、教えていただけますと大変うれしいです。よろしくお願いいたします。

Answer 2

[弘達 土亀]

貴重な情報ありがとうございます。

「マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーション」のページを拝見させて頂きました。

難しそうだったので、同じことができるかやってみたいと思います。

「マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーション」の例についても、またご教示頂けると助かります。

今後とも何卒宜しくお願い致します。

[Megumi Fukuda]

お返事ありがとうございます。

示したURLでは、RIRE形式のデータを読み込んでいますが、DICOM形式ですとdicomreadで読んでそのままいけるかもしれませんし、少し工夫が必要になるかもしれません。

データを見せていただかないと難しい部分もあるかもしれないですが、何か困った点や詰まった点などあれば、またお知らせください。

Answer 3

[弘達 土亀]

返信ありがとうございます。

今回のデータ（pro_A90.dcmとpro_B90.dcm)を添付させて頂きます。

もし可能でしたら、コードなどをご教示頂けると大変助かります。

お忙しいところ恐縮ですが、何卒宜しくお願い致します。

[Megumi Fukuda]

どのあたりで詰まってしまった、などありますでしょうか？

以下のコードを利用すると、ご添付いただいたファイルで位置を確認するところまでできます。

（変数名は少し変更してしまいました。分かりづらくなってしまったかもしれません）

img_orig = "pro_A90.dcm";
img_dist = "pro_B90.dcm";

hdr_orig = dicominfo(img_orig);
hdr_dist = dicominfo(img_dist);

X_orig = dicomread(hdr_orig);
X_dist = dicomread(hdr_dist);

X_orig = squeeze(X_orig);
X_dist = squeeze(X_dist);

centerOrig = size(X_orig)/2;
centerDist = size(X_dist)/2;
figure
imshowpair(X_orig(:,:,centerOrig(3)), X_dist(:,:,centerDist(3)));

ちなみに、「マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーション」のサンプルについて、

[optimizer,metric] = imregconfig('multimodal');

については、

[optimizer,metric] = imregconfig('monomodal');

に書き換えたほうがいいかもしれません。

Answer 4

[弘達 土亀]

お忙しいにも関わらず、大変貴重な情報ありがとうございます。

自分は最初の画像入力のところから、良く分からなかったので大変助かります。

頂いたコードを参考に進めて行ければと思います。

勝手ありますが、この続きのコードについてもわかりましたら教えて頂ければと思います。

何卒宜しくお願い致します。

一つ質問です。

この位置合わせは、90枚の投影データに全て一括で行うのはむずかしいでしょうか？

もしかすると、画像再構成したデータの方が扱いやすいのでしょうか？

いろいろと相談に乗ってもらいながら、こんな事を聞いてしまい申し訳ありません。

[Megumi Fukuda]

> この位置合わせは、90枚の投影データに全て一括で行うのはむずかしいでしょうか？

マルチモーダル 3 次元医用画像のレジストレーションにならって、DICOM画像を読み込んで（ここで画像再構成 = 128x128x90の３次元画像データにします）、読み込んだ画像に対して変換を行う、というやり方が可能です。なので、投影データ（スライス1枚分、ということかと思います。間違っていたら教えてください）９０枚分に変換を行っていると言えると思います。

先日のDICOM読み取りについて、マルチモーダル３次元医用画像のレジストレーションの見本に沿った変数になるように書き換えると、以下のような感じになります。頑張ってください :)

path_moving = "pro_A90.dcm";
path_fixed = "pro_B90.dcm";

movingHeader = dicominfo(path_moving);
fixedHeader = dicominfo(path_fixed);

movingVolume = dicomread(movingHeader);
fixedVolume = dicomread(fixedHeader);

movingVolume = squeeze(movingVolume);
fixedVolume = squeeze(fixedVolume);
% ここまでで手順1のコードが書かれた最初のボックスと同じところまで進んでいますので、
% 「関数 helperVolumeRegistration は、3 次元レジストレーションの結果の質を判断するために
% 提供されている補助関数です。ビューは対話方式で回転でき、両軸は一致したまま動きます。」の
% 先からすすめてみてください。

また、処理後のデータですが、DICOMにすることも可能ですが、そのままnifti形式に保存することもできます。