イメージレジストレーションの反復方法について

以下の処理を用いて，イメージレジストレーションを行おうと思いますが，

画像データが１０００枚程度あり，そのすべてをレジストレーションしたいと思っています．

そのためには，for文による繰り返し処理が必要ですが，どのようにfor分を組めばいいか教えてもらえばと思います．

参考：https://jp.mathworks.com/help/images/registering-multimodal-mri-images.html

以上，お手数ですが，ご回答お願いします．

[Kojiro Saito]

@Kaisei Sato

参考ドキュメントの例では、固定イメージと移動イメージのペアを使ってレジストレーションをしていますが、今回は画像データ1000枚にそれぞれ500枚ずつペアがあるのでしょうか？

[Kaisei Sato]

ご連絡ありがとうございます．

経時変化をとっており，その位置づれを補正したいと思っております．

そのため，1枚目と２枚目，２枚目と3枚目・・・・999枚目と1000枚目

というように1000枚の画像の位置補正をできればと思っております．

Answer 1

[Kojiro Saito]

まずはドキュメントのレジストレーション例を繰り返し使えるように関数化します。

関数化についてはこのあたりのドキュメントが参考になります。

ここではdicomImageRegという関数名で、ファイル名もdicomImageReg.mで保存します。

function registeredImage = dicomImageReg(img1, img2)
    [optimizer,metric] = imregconfig('multimodal');
    optimizer.InitialRadius = optimizer.InitialRadius/3.5;
    optimizer.MaximumIterations = 300;
    
    tformSimilarity = imregtform(img2, img1,'similarity',optimizer,metric);    
    registeredImage = imregister(img2, img1,'affine',optimizer,metric,...
        'InitialTransformation',tformSimilarity);
end

元のドキュメントには試行錯誤で色々試していましたが、最後のレジストレーション方法による結果のみリターンするようにしています。

dcmファイルをまとめてdirコマンドでファイル取得して、ファイルの数だけレジストレーションをおこないます。

結果を画像保存する際はimwriteかdicomwriteを使います。

こちらがサンプルです。

list = dir("*.dcm"); % 現在のフォルダにdcm画像がある場合
%list = dir("image/*.dcm"); % 現在のフォルダのimageサブフォルダにdcm画像がある場合
for n=1:length(list)-1
    img1 = dicomread(list(n).name);
    img2 = dicomread(list(n+1).name);    
    registeredImage = dicomImageReg(img1, img2);
    %imwrite(registeredImage, sprintf('out%d.jpg', n)) % JPEGフォーマットで保存する場合
    dicomwrite(registeredImage, sprintf('out%d.dcm', n)) % DICOMフォーマットで保存する場合
end