薬剤の有効性に関与する遺伝子多型の検出

一塩基多型（single nucleotide polymorphism）のデータを用いて、ある抗がん剤の有効性に関与する遺伝子を検出したいのですが、Matlabによってどのような解析をすればよいでしょうか？

Answer 1

[Takafumi]

通常のSNP 解析は、ご存知だと思いますが、一つのツールで完結することはできないので、

様々なツールと組み合わせて、解析する必要があります。 MATLABで出来ることは、統計処理など限られた範囲になります。

NGSを使うという前提であれば、下の例題が参考になるかと思います。

公共データ・ベースなどからの、アノテーション情報を取り込む方法などが書いています。

https://jp.mathworks.com/help/bioinfo/examples/exploring-genome-wide-differences-in-dna-methylation-profiles.html

Answer 2

[Tohru Kikawada]

この分野の知見がないのですが Bioinformatics Toolbox で バリアント解析の手法 をいくつかサポートしているようです。ご参考になれば幸いです。