Simulink Real-Timeに限った話ではありませんが、バージョンR2019bであれば、Simulinkの信号線をシミュレーションデータインスペクター(SDI)に出力させることでXYプロットを行うことができます。
添付のモデルのように、信号線をSDIに登録します。信号線をクリックし、青字の「・・・」にカーソルを合わせると、以下のように現れるので、「データログを有効化」をクリックして有効にします。
次にSDIを開き、右上のレイアウトをクリックし、ビューの編集をクリックします。
可視化ギャラリーが開くので、XYをドラッグしてグラフにドロップします。
次に表示したい信号にチェックを入れ、X軸かY軸かを選択します。
設定が終わると波形が表示されます。
あらかじめ設定しておけばリアルタイムでXYプロットがなされます。
その他の方法としては、「XY Graph」というScopeブロックの亜種を使う方法がありますが、軸の範囲選択が固定なので使いにくいです。
1ステップ終了時にMATLABコマンドを呼び出してFigureを描画するという方法もあります。