Looks like your .png/.jpeg file still holds the same color. Try changing the linewidth property and use the marker property. You can also have different colors for the stem and Marker. But make sure you are giving the right value for the colors. But from your stem plot I can observe that each stem has its own depth. On general stem plot is used to plot discrete sequence data. You can try to use a stem3 plot or other different plots such as bar or surf if it suits your application. You can also have a look at different types of Matlab plots here.
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