A simple BLAST algorithm

Version 1.3 (9,53 ko) par Ligong Han
A simple BLAST algorithm based on a simple dynamic programming strategy.
0.0
(0)
495 téléchargements
Mise à jour 10 mars 2015

Afficher la licence

The function implements a BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) algorithm using a simple dynamic programming strategy. A self-defined vTree class is also included, on which the "Reconstruct" process is based. The data of the tree is stored in a vector. The idea is inspired by the union-find algorithm.

Citation pour cette source

Ligong Han (2026). A simple BLAST algorithm (https://fr.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/49003-a-simple-blast-algorithm), MATLAB Central File Exchange. Extrait(e) le .

Compatibilité avec les versions de MATLAB
Créé avec R2014a
Compatible avec toutes les versions
Plateformes compatibles
Windows macOS Linux
Catégories
En savoir plus sur Genomics and Next Generation Sequencing dans Help Center et MATLAB Answers
Tags Ajouter des tags
Open in new tab
Version Publié le Notes de version
1.3

- vTree class updated: fixed an error of the 'delChild' method
1.2.0.0

- Updated vTree
1.1.0.0

- a missing file added
- method of vTree class added
1.0.0.0