Catrex GUI

Version 1.0.0 (444 ko) par Jesus Perez
Graphical user interface to extract calcium transients from imaging experiments. Get raster of neuronal activity from a raw tiff file.
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Mise à jour 28 juil. 2020
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GUI in MATLAB for automated calcium transients extraction from imaging experiments.

1. Load tiff file with the sequence of images acquired.
2. Perform non-rigid (or rigid) motion correction.
3. Find cells based on Suite2P algorithm (Pachitariu et al., 2016).
4. Evaluate ROIs identified (area, circularity, perimeter, eccentricity and overlapping).
5. Extract calcium transients using local neuropil as the basal of fluorescence.
6. Evaluate peak signal-to-noise ratio (PSNR).
7. Perform spike inference (foopsi; Friedrich & Paninski, 2016).
8. Get raster activity, a binary matrix where each row is the activity of a single ROI.

Output of a structure variable with all data analyzed

Citation pour cette source

Jesus Perez (2024). Catrex GUI (https://github.com/PerezOrtegaJ/Catrex_GUI/releases/tag/V1.0.0), GitHub. Récupéré le .

Compatibilité avec les versions de MATLAB
Créé avec R2020a
Compatible avec toutes les versions
Plateformes compatibles
Windows macOS Linux
Catégories
En savoir plus sur Microscopy dans Help Center et MATLAB Answers
Remerciements

Inspiré par : Suite2P, CaImAn

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Version Publié le Notes de version
1.0.0

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